Fue creado inicialmente en 1942, aunque es a partir de 1978 cuando se establecen los conceptos archivísticos de organización y descripción que permiten su consolidación como uno de los acervos históricos más ricos del país en materia de salud y asistencia públicas, los cuales, a la vez, forman parte del patrimonio cultural de la Secretaría de Salud y de México.