La Dirección de Investigación tiene como objetivo fundamental promover y facilitar el desarrollo de la Investigación Científica vinculada a las necesidades nacionales en materia de salud del niño y adolescente, al mismo tiempo que permite el desarrollo armónico de los grupos de investigadores y de sus intereses individuales y de grupo.

En forma paralela se da a la tarea de establecer programas que faciliten la gestión de recursos para la investigación en salud, que permitan el desarrollo de la propiedad intelectual, el desarrollo de patentes y la transferencia de tecnologías a través de la vinculación con otras instituciones en salud, con las instituciones académicas y con la industria.

Se encuentra constituída de la siguiente forma: